미로를 탈출한 토마스와 러너들은 자신들이 겪었던 위험한 실험에 미스터리한 조직 ‘위키드’가 관여된 것을 알게 되고, 그들의 정체를 밝혀 왜 이런 일들이 일어나고 있는지를 알아내기 위해 또 다시 탈출을 시도한다. 
 한 순간도 예측할 수 없는 위험들이 도사리고 있는 ‘스코치’에 도착한 러너들은 ‘위키드’에 대항하기 위해 결성된 저항 단체를 만나 그들과 함께 거대 조직에 맞설 준비를 한다. 
 하지만 ‘위키드’에 접근할수록 위험천만한 일들이 벌어지고, 조직이 비밀리에 준비 중인 또 다른 충격적인 계획을 알게 되는데... 러너들은 조직의 비밀을 밝히고, 이들에게서 벗어날 수 있을 것인가?